由于增值税专用发票不仅是记载商品销售额和增值税额的财务收支凭证，而且是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明；既是购货方据以抵扣税款的法定凭证，又是纳税人经济活动中的重要商业凭证，其蕴含了购销双方交易的辅助信息。因此，当发生经济纠纷又缺乏其他证据的情况下，无论是出卖人为了证明其已交付标的物，还是买受人为了证明其已支付货款，通常都以增值税专用发票及税款抵扣资料证明其主张。尤其是在双方没有订立书面合同或履行合同过程中交接手续不完备的情况下，此类纠纷更易发生。在买卖合同纠纷案件的司法实践中，增值税专用发票能否作为认定合同关系的依据、能否作为认定交付标的物的依据以及能否作为认定欠款数额的依据等问题都一直存在不同的观点和争论。
    2012年3月31日，高人民法院审判委员会第1545次会议通过了《关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称“解释”）。解释第八条规定：“出卖人仅以增值税专用发票及税款抵扣资料证明其已履行交付标的物义务，买受人不认可的，出卖人应当提供其他证据证明交付标的物的事实。”本条规定对增值税专用发票的证据功能进行了厘清，但对于本条的应用应当注意以下几个问题：
    一、增值税专用发票本身只是交易双方的结算凭证
    增值税专用发票的证明力问题实质上涉及到民商事案件中有关证据的证明标准和举证责任的分配问题。透过增值税专用发票的原理，我们可以了解到增值税专用发票是记载商品销售额和增值税税额的财务收支凭证，兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明，是购货方据以抵扣税款的法定凭证，是税务机关计收税金和扣减税额的重要凭据。因此，增值税专用发票本身只是交易双方的结算凭证，只能证明双方存在债权债务关系的可能性，并不能证明双方存在债权债务关系的必然性。
    二、仅凭增值税专用发票不能证明标的物已经交付
    买卖合同的履行有实际的交付才能确定，在双方没有订立书面合同场合，实际交付是判断双方买卖关系是否成立的重要标志。虽然增值税专用发票既是一般纳税人从事生产经营活动的商业凭证，又是记载该专用发票开具方应纳税额和收票方抵扣进项税额的合法证明，具有双重功能作用；但根据人们的交易习惯，只有收货凭证才能作为证明买受人收到货物数量的证据，而出卖人开具增值税专用发票仅能证明买卖双方将以发票上记载的金额进行交易。
    增值专用发票并非是书面合同，虽然增值税专用发票结合其他证据可能会认定当事人之间存在合同关系，但并不能说明其可以单独作为认定买卖合同关系的依据。根据我国对增值税专用发票管理的有关法律法规的规定，增值税专用发票的出票和抵扣应以真实的交易行为为基础，但这仅是法律对该类发票管理的应然状态所进行的规定。现实的商业活动中，因为交易主体、内容、习惯及市场环境的情况复杂，“先票后款”、“先票后货”的实然状态大量存在，甚至没有真实的交易发生而虚开发票的情况也较为普遍。同时，由于税法和合同法调整的是不同性质的法律关系，是否依据真实的交易行为开具增值税专用发票的行为本身应受到与税收相关的法律法规的调整，而非依据合同法进行认定和处分。因此，在买卖合同纠纷作为基础法律关系的案件中，不能直接将发票认定为一方当事人履行了合同约定的给付义务的凭证，出卖人开具增值税专用发票和买受人抵扣或认证的事实，仅对买卖双方是否履行交付义务起到间接证明的证据作用。
故，在出卖人仅以增值税专用发票主张其已经履行标的物交付义务，但买受人不认可的情况下，增值税专用发票及抵扣税款资料不能单独作为出卖人已经了交付义务的证明，出卖人还应提供其他证据证明交易的实际发生。
    三、仅凭增值税专用发票并不能证明货款已经支付
    增值税专用发票作为付款的记账凭证，只是作为买受人付款的依据，它本身并不是付款凭证。正常情况下，增值税专用发票的开具只表示买卖双方商品成交，而不能证明买受人已经付清所有货款。
    依据《发票管理办法》、《增值税暂行条例》、《增值税专用发票使用规定》等对专用发票的规定可以说明，增值税专用发票的主要作用在于买受人抵扣进项税，一般情况下不是付款的凭证。在交易习惯中，出卖人开具增值税专用发票并不以接受价款为前提，而是提供服务、劳动、供货的“从合同义务”，是纳税主体按我国税法的规定依法履行纳税义务的行为，其与买受人是否付款并无直接的条件关系。我国法律亦未规定付款后才可开具增值税专用发票。在市场交易中，买受人为了先行抵扣税款一般会采用先票后款的方式，所以出卖人先开具增值税专用发票后收款的情形比较常见。因此，开具增值税专用发票的行为与正面买受人支付货款的事实之间并没有高度盖然性的对应关系。故，在买受人仅以增值税专用发票及税款抵扣资料证明其已经履行付款义务，但出卖人不认可的情况下，买受人还应当提供其他证据证明付款事实的存在。其他证据应包括但不限于现金收据、转账凭证、进账单、支票存根、交易习惯等。
    综上所述，在买卖合同纠纷案件中，不论是卖方还是买方都不应当、也不能将增值税发票作为证据，都应当竭尽全力提供其他证据来还原案件事实。为防日后产生纠纷而处于被动状态，各公司应以此为据完善日常交易的手续、规范管理。而新解释的出台也有助于今后对该类案件正确认定和裁判，体现了司法对市场经济规律的尊重和市场经济条件下法律规制的作用和范围。

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